森林是北京九龙山自然保护区生态系统的主体。由于受自然的，特别是近代人类活动的影响，原始类型已不存在，现存林分多为人工林，占全部林分的82.6%，天然次生林仅占17.4%，分布在九龙山上部的刺茅花坨一带。
根据现有资料表明，保护区内林业用地面积1226.7hm2，活立木总蓄积16457.6m3。其中有林地面积536.9hm2，蓄积量15533.8m3，森林覆盖率39.7%；疏林地面积113.6hm2，蓄积量923.8m3；灌木林地面积525.9hm2，宜林地面积50.2hm2；加上灌木林面积，覆盖率达78.7%。非林业用地面积106.7hm2。
按优势树种分，油松林占有林地面积的41%，侧柏林占21%，落叶松林占3%，刺槐林占8%，栓皮栎林占7%，蒙古栎林占4%，山杨林占4%，阔杂林占12%。
按林龄分，中龄林面积占有林地面积的79%，近熟林面积占18%，成熟林面积占3%。详见表